Tiek kartotiniai, tiek individualūs projektai turi savų trūkumų.

Kartotinio projekto didžiausia blogybė ta, kad sklypo plotas turi atitikti pastato užstatymo plotą. Sklypo riba turi būti nutolusi bent 3 metrus nuo labiausiai atsikišusios pastato dalies (stogo krašto ir pan.), taip pat pasirinktas projektas turi atitikti savivaldybių specialiuosius architektūrinius, kultūros paveldo, aplinkosaugos, regioninių parku reikalavimus.
Individualių projektų trūkumas tas, kad kūrybinis procesas trunka ilgai. Projektui reikia skirti didesnę sumą pinigų, ir nėra garantijos, kad galutinis rezultatas atitiks lūkesčius.